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亲和层析是一种非常有效的蛋白质纯化方法。其分离的机制是基于蛋白质和某些特定分子具有特异性的相互作用。除了生物特异性配体外（如酶底物、抗体、受体等等），一些俗称为类生物配体（如凝集素、染料）的物质也用在亲和层析中，而在固定化的金属离子上进行的亲和层析在蛋白质和多肽的分离纯化工作中越来越重要。亲和层析的选择性和效率极高。特点：
键合有活性的、有特殊官能团的树脂
标准的1000Å孔尺寸用于大分子生物聚合物
配合体决定最终产品的化学稳定性
TOYOPEARL AF-Tresyl-650M和TOYOPEARL AF-Formyl-650M被推荐用来偶联蛋白质, 而TOYOPEARL AF-Epoxy-650M适合连结小分子配体, TOYOPEARL AF-Amino-650M和TOYOPEARL AF-Carboxyl-650M既可以偶联蛋白质也可以用来连接小分子配体
