研究院是由上海市人民政府和复旦大学共同建设的独立法人事业单位，依托复旦大学上海医学院进行系统化建设，实行理事会领导下的院长负责制。旨在发挥复旦大学整体优势，整合上海优势研究力量和资源，汇聚全球菁英，面向建设上海超大型城市公共卫生安全体系的核心要求，聚焦上海和国家重大传染病与生物安全领域重大问题，构建“全链式”技术共享平台，为上海和全国公共卫生安全体系建设提供人才储备、技术支撑和政策建议。
近期，研究院将边建边研，主要核心骨干已投入到上海市新冠疫情防控和科技重点研究中，并充分发挥智库作用，为上海疫情防控工作取得阶段性成果贡献智慧。下一阶段，研究院还将探索创新体制机制，有效整合上海全市优势科研力量，全链谋划从发现、预警、检测、诊治、预防的“重大突发传染病关键核心技术攻关及防控体系”。